Los marcadores moleculares del tipo microsatélites (SSR) poseen herencia mendeliana co-dominante que permite distinguir múltiples formas alélicas para cada locus por lo que se encuentran ampliamente difundidos en estudios centrados en el polimorfismo genético. Para establecer relaciones genéticas en base a este tipo de información molecular es necesario seleccionar un estimador de distancia que respete la estructura de la información. El ordenamiento de individuos a partir de las distancias de a pares entre ellos, se optimiza cuando la descripción marcador a marcador se complementa con el estudio de distancias multivariadas (multilocus-multialelicas). En este trabajo se comparan ordenamientos en planos factoriales y agrupamientos derivados de análisis de conglomerados jerárquicos realizados sobre matrices de distancias multivariadas obtenidas bajo distintas métricas comúnmente usadas en el análisis de microsatelites. La cosistencia de los resultados producidos por distintas métricas se evaluó mediante análisis de procrustes y estadísticos asociados. Se ilustran los resultados de la implementación de diferentes métricas de distancia a través de conjunto de datos reales que involucra numerosas accesiones genotipadas con múltiples loci de microsatelites con un promedio de 3-4 alelos por locus.
