Patrones de variabilidad en datos multivariados provenientes de marcadores moleculares tipo RAPD

BRUNO, C.; BALZARINI, M.; CASANOVES, F.

Caseros, Buenos Aires.

Congreso; V Congreso Latinoamericano de Sociedades de Estadística (CLATSE V). Jornadas Interamericanas de Enseñanza de la Estadística (JIEE).; 2002

Sociedad Argentina de Estadística (SAE), el Grupo Argentino de Biometría (GAB), la Sociedad Chilena de Estadística (SOCHE), la Sociedad Uruguaya de Matemática y Estadística (SUME) y el IASI (Instituto Interamericano de Estadística).

En el marco de estudios genómicos, frecuentemente se deben seleccionar técnicas multivariadas de reducción de dimensión y de visualización gráfica de datos obtenidos a partir de información de marcadores moleculares. En particular, los marcadores de tipo RAPD Random Amplified Polymorphic DNA), generan observaciones multivariadas discretas. Cada locus (marcador) provee información binaria indicando la presencia o ausencia de productos de amplificación en una región del genoma. Usualmente se trabaja con loci de marcadores representándose la información de cada individuo (genotipo) por un vector dimensional de variables binarias. Técnicas multivariadas de reducción de dimensión permiten visualizar en espacios de baja dimensión esos vectores proveyendo información relevante para el ajuste de modelos genómicos e interpretaciones de los patrones de variabilidad subyacente. Comúnmente tal información es usada para clasificar observaciones y estimar correlaciones de configuraciones obtenidas a partir de distinto tipo de información (molecular y no molecular). En este trabajo se analizan, comparativamente, dos técnicas de reducción aplicables a datos de marcadores RAPD (Análisis de Coordenadas Principales y Análisis de Correspondencia) en complementación con dos técnicas de visualización de resultados (Árboles de Mínimo Recorrido y Biplots).Se ilustra la aplicación de las mismas y el tipo de información obtenida sobre un conjunto de datos reales obtenidos con marcadores RAPD en muestras de ADN de 8 aislamientos de Fusarium moniliforme provenientes de distintas localidades de la región sorguera Argentina. Las técnicas utilizadas permitieron demostrar la existencia de variabilidad genética entre los aislamientos.