Ordenamiento de perfiles moleculares RAPD: una aplicación del análisis Procrustes Generalizado

BRUNO, C.; ARROYO, A.; DI RIENZO, J.; BALZARINI, M.

Huerta Grande, Córdoba.

Congreso; XXXII Congreso Argentino de Genética, IV Jornadas Argentino-Chilenas de Genética y XXXIV Reunión Anual Sociedad de Genética de Chile; 2003

Sociedad Argentina de Genética y Sociedad Chilena de Genética

La información relevante para establecer distancias entre dos observaciones multivariadas binarias, como aquellas obtenidas cuando se utilizan marcadores RAPD sobre dos muestras de ADN, se encuentra en los conteos designados como a, d, y (b+c) asociados respectivamente con los eventos de co-presencia, co-ausencia y polimorfismo de productos de amplificación en cada sitio del genoma que se está comparando. Para ordenar las muestras se trabaja con distancias obtenidas desde la transformación de índices de similitud. Distintas métricas pueden ser utilizadas para calcular estas distancias. Bruno et al (2003) sugirió que los índices de similitud asimétricos en a y d: Jaccard, Occhiai, Anderberg, Dice, Braun-Blanquet, Kulczynski, Sokal&Sneath proveen distancias entre perfiles RAPD que producen configuraciones similares durante los procedimientos de ordenación y que, comparados con otros índices, son preferibles cuando se trabaja con marcadores RAPD. En este trabajo se estudia la similitud entre 8 aislamientos de Fusarium moniliforme afectando cultivos de sorgo en Argentina, mediante marcadores RAPD. Se utiliza el análisis de procrustes generalizado para consensuar las configuraciones producidas a partir del escalamiento multidimensional de las matrices de distancias, obtenidas desde los siete índices de similitud mencionados anteriormente.