Control de calidad de microarreglos de ADN mediante descomposición ANOVA-PCA/PLS

FRESNO, C.; GONZALEZ, G.; MERINO, G.A.; RODRIGUEZ, J.C.; BALZARINI, M.; FERNÁNDEZ, E.

Santiago del Estero

Congreso; XIX Reunión Científica del Grupo Argentino de Biometría; 2014

El control de calidad es una etapa fundamental para remover artefactos técnicos en datos de expresión de genes obtenidos a través de microarreglos de ADN. Los abordajes tradicionales sólo emplean estrategias univariadas, con el fin de comprobar el supuesto de normalidad global de los genes, al igual que para obtener valores de expresión comparables entre las diferentes muestras. No obstante, los anteriores presentan dos falencias: i) no incluyen la información del diseño experimental en el control de calidad; ii) la exploración de los genes se realiza de forma univariada. En este contexto, se presenta como alternativa para el control de calidad, descomponer los valores observados de expresión utilizando la información del diseño experimental a través de un análisis de la varianza (ANOVA). Luego, la contribución de los diferentes factores puede ser analizada de forma multivariada mediante dos técnicas de exploración como los son el Análisis de Componentes Principales (PCA por sus siglas en inglés) y la regresión de Mínimos Cuadrados Parciales (PLS por sus siglas en inglés). La estrategia propuesta ha sido aplicada con éxito sobre un experimento de microarreglos de dos factores. Con ella se ha logrado detectar y remover artefactos no considerados en el diseño experimental, que no pudieron ser detectados ni removidos por los abordajes tradicionales.