Análisis en Sílico de la Súper Familia 2 de helicasas en Giardia lamblia.

GARGANTINI PR.; SERRADELL MC; TORRI A; LUJÁN HD

mar del Plata

Congreso; IX Congreso Argentino de Protozoología y Enfermedades Parasitarias; 2011

Las helicasas se encuentran en la mayoría de los genomas eucariotas y procariotas, y son encontradas en casi todos los organismos. Ellas desenvuelven importantes funciones en la mayoría de los mecanismos celulares que involucran ácidos nucleicos, incluyendo la replicación del ADN y su reparación, la transcripción, la traducción, la síntesis ribosomal, la maduración del ARN y el splicing, y los procesos de exportación nuclear. Las helicasas están agrupadas en Súper Familias (SF); en base a sus secuencias, funciones e información estructural (cuando disponible) seis Súper Familias han sido descriptas. Las SF1 y SF2 no forman anillo, y las que forman anillo comprenden SF3 a SF6. Dependiendo del tipo de ácido nucleico blanco son clasificadas como helicasas de ADN o de ARN, aunque algunas pueden actuar sobre ambos. Las helicasas de la SF1 y SF2 son divididas en familias (3 familias en la SF1 y 9 familias en la SF2). A pesar que muchas familias de helicasas contienen ambas helicasas de ADN y ARN, sólo 6 de estas 12 familias contienen helicasas de ARN (DEAD-box, DEAH-box, Ski2-like, RIG-I-like, NS3/NPH-II y Upf1-like) y las familias restantes consisten de helicasas de ADN. En este estudio hemos identificado el conjunto completo de helicasas de la SF2 mediante una extensiva búsqueda en la base de datos del genoma de Giardia lamblia, lo que nos permitió la identificación de 22 DEAD-box, 6 DEAH-box y 4 Ski2p helicasas de ARN, junto con 7 secuencias de la familia Swi2/Snf2, 3 de la familia RecQ y 4 de la familia Rad3. Se analizó también la relación entre la composición de la SF2 de helicasas en Giardia y sus homólogos correspondientes en levadura y humano. A pesar que sólo algunas DExD/H-box helicasas de ARN han sido caracterizadas bioquímicamente, la mayoría de los trabajos publicados están basados en la presencia de motivos conservados característicos que pueden definir a una helicasa de ARN putativa y la familia a la que pertenece. Aquí nosotros también asumimos esto para nuestra clasificación mediante un análisis in silico y luego mediante una identificación manual de cada uno de estos motivos. Nuestros resultados estuvieron en concordancia con el estudio filogenético, ya que cada helicasa de la SF2 fue agrupada específicamente de acuerdo a la conservación de su secuencia así como con la conservación de sus motivos característicos. Presentamos por primera vez un análisis completo de la Súper Familia 2 de helicasas en Giardia, que podría ser la base para el estudio de su implicación durante las diferentes etapas del ciclo de vida del parásito.