La transcriptasa reversa (TR) del HIV-1 tiene un papel fundamental en la replicación del virus de HIV: comenzando con una hebra de ARN, TR crea una hebra de ADN, reduce la hebra de ARN, y crea la segunda hebra complementaria de ADN. La doble hélice de ADN así creada es luego incorporada en las células T de la persona infectada. Debido a este rol fundamental en la vida del virus, TR es muy estudiada con el objetivo de crear nuevas y más efectivas drogas contra el SIDA. Varias de las drogas aprobadas para tratar el SIDA se ligan e inhiben TR.
Las estructuras cristalográficas hasta ahora existentes de TR demuestran que TR tiene regiones de extrema flexibilidad. Ha sido postulado que esta flexibilidad es indispensable para que TR cumpla sus funciones translocando y replicando ADN. Esta flexibilidad es también necesaria para que las drogas INNTR puedan ligarse a TR. Con el objetivo de avanzar el conocimiento de la flexibilidad de TR a nivel atómico, hemos realizado largas (40 nanonsegundos) simulaciones de dinámica molecular de la transcriptasa reversa del HIV-1, en agua. Las estructuras iniciales de las simulaciones son las estructuras cristalográficas de TR sola y ligada a ADN. Los movimientos observados fueron descompuestos en su dinámica esencial.
Se observa que el modo de mayor amplitud de TR sin ligandos corresponde al movimiento del subdominio RNase H hacia el pulgar del subdominio p66. La rotación de los dedos y el pulgar del subdominio p66 con respecto a la palma les permite moverse con respecto al sitio activo. El segundo modo revela el movimiento del pulgar p51 con el dominio del RNase H, y estos movimientos están fuertemente correlacionados.
En conclusión, observamos que durante las simulaciones, los dedos y pulgar del p66 se separan y vuelven a cerrarse. Las simulaciones demuestran que la habilidad de separarse de los dedos y pulgar del subdominio p66 para poder acomodar al ADN es una propiedad intrínseca de la molécula, que puede observarse aun en ausencia de ligandos. Los movimientos del p66 dedos y pulgar están fuertemente correlacionados con los de la p66 palma. Las simulaciones muestran, por primera vez, el movimiento del ADN con respecto a TR. Las cinco bases más cercanas a la p66 palma tienen movilidad muy limitada debida a las interacciones entre las bases del AND y la palma. Las restantes nueve bases son mas móviles y se mueven en forma correlacionada con el dominio RNase H.
