Epidemiología molecular, análisis genómico y pangenómico de Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasas e identificación de un nuevo linaje clonal

MORANDINI, FABRIZZIO NICOLÁS; LIPARI, FLAVIO GABRIEL; RUIZ, SUSANA EUGENIA; IRRAZABAL, GABRIELA ; PALUMBO, MIRANDA C; GRUPO DE ESTUDIO EPC, CÓRDOBA ; SOLA CLAUDIA; DARÍO A. FERNANDEZ DO PORTO; SAKA HECTOR A

Buenos Aires

Congreso; XXII Congreso Argentino de Infectología . Congreso de Infectología 2023: XXI Congreso API, XXIII Congreso SADI; 2023

SADI

INTRODUCCIÓN: Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasas (Kp-PC) es una amenaza crítica por su multirresistencia y potencial epidémico. La epidemiología molecular de Kp-PC exhibe patrones regionales, por lo que es fundamental la caracterización de aislamientos locales.OBJETIVOS: Caracterizar el resistoma, epidemiología molecular, plásmidos, estructura genómica y viruloma de Kp-PC.MATERIALES Y MÉTODOS: Estudio multicéntrico (14 centros de salud), observacional, retrospectivo y descriptivo. De 2016 a 2022 se analizaron 445 Kp-PC (sangre-35%, orina-32%, muestras respiratorias-14%, hisopado anal-9%, otros-9%). La tipificación de especies se realizó por Vitek2/MALDI-TOF. La presencia de carbapenemasa se investigó por Blue-Carba/mCIM. El tipo de carbapenemasa se identificó por PCR (KPC, NDM, VIM, IMP, OXA). La secuenciación de genoma completo (WGS) de 25 aislamientos se realizó por Illumina-Miseq.RESULTADOS: Los tipos de carbapenemasa fueron KPC (81%; p<0.01), NDM (16%), KPC+NDM (2%), OXA (1%). El análisis del resistoma por WGS identificó al menos 57 genes de resistencia (18±3/cepa) incluyendo aminoglucósidos (n=15), beta-lactámicos (n=15), colistín (n=3), fosfomicina (n=2), quinolonas (n=5), tetraciclinas (n=5), trimetoprima-sulfametoxazol (n=5), bombas de eflujo MDR (n=4) y otros (n=3). Se encontró a KPC en plásmidos conjugativos IncFIB-IncFII e IncL/M, y a NDM en IncA/C2 e IncFIa/IncFIc. Los linajes clonales fueron: ST258-32%, ST11-24%, ST307-12%, un nuevo secuenciotipo ST6404-12% y otros-16%. KPC se asoció principalmente a ST258 y NDM a ST11. Se caracterizó el nuevo linaje ST6404 (KPC-3+NDM-1) como variante monoalélica del ST290. Mediante análisis pangenómico se determinó la estructura genómica de Kp-PC, constituida por genes core-3883, softcore-327, accesorio shell-2299 y accesorio cloud-2963. En cuanto al viruloma, además de yersiniabactina y enterobactina presentes en ST258/ST11, el linaje ST6404 se caracterizó por el locus sitABCD (p<0.01) responsable de un transportador de Fe/Mn asociado a virulencia en Shigella y Salmonella.DISCUSIÓN / CONCLUSIONES: Los aislamientos locales de Kp-PC pertenecieron mayoritariamente a los linajes clonales de alto riesgo ST258 y ST11, con elevado número de genes de resistencia y un genoma plástico susceptible a cambios dinámicos por su alto contenido de genes accesorios. Se identificó el secuenciotipo ST6404, no descripto hasta ahora, cuyas características genéticas sugieren mayor virulencia en comparación a ST258/ST11.