Este estudio describe la frecuencia, características clínicas y microorganismos más frecuentemente aislados de las dermatofitosis en pacientes niños y adultos del Servicio de Dermatología del Hospital Pediátrico del Niño Jesús. Además, se presenta el desarrollo y estandarización de una PCR fingerprinting para identificación de hongos dermatofitos más frecuentes. Se realizó examen clínico y recolección de muestras de piel, pelos y uñas de 742 pacientes con sospecha clínica de micosis cutánea en un período de tres años (2007 al 2010).  Por otra parte, de colonias puras de dermatofitos se obtuvo el ADN genómico, el cual fue amplificado por la técnica de PCR fingerprinting  utilizando el primer GACA₄. Los resultados muestran que un 35% de los pacientes presentaron examen micológico directo positivo indicando infección fúngica. Se observó que las onicomicosis y la tinea capitis son las formas clínicas más frecuentes y Microsporum canis, Trichophyton rubrum y las levaduras fueron los agentes etiológicos más frecuentemente aislados. Finalmente, este trabajo demuestra que la PCR fingerprinting con (GACA)4 es un método simple, rápido y reproducible para identificación taxonómica de M. canis, M. gypseum y T. rubrum, permitiendo la identificación de dermatofitos que no pueden ser tipificados por los métodos micológicos de rutina.