En este trabajo nos proponemos indagar sobre posibles vías concretas de solución a la cuestión de cómo asignar recursos públicos a las universidades nacionales respetando su autonomía y a la vez asegurando una racionalidad en su utilización en el marco de una política para la educación superior diseñada a nivel nacional. En este sentido, y a partir de la experiencia internacional, el debate teórico y los antecedentes nacionales, trabajamos sobre una propuesta de innovación en materia de financiamiento, a través de la constitución de un organismo descentralizado de asignación de recursos.